Menurut kepercayaan tempatan, perkataan Bisaya berasal daripada sebutan “Bisai Iya” yang bermakna seseorang lelaki atau wanita nampak tampan dan gagah serta cantik molek. Dan setengah pendapat mengatakan ia berasal daripada perkataan "Ma Bisa" iaitu bermaksud bisa yang dikaitankan dengan ilmu sihir atau perubatan yang biasanya diamalkan oleh suku kaum ini pada ketika itu.Sebutan kemudian bertukar kepada Bisaya sehingga pada hari ini.Sama ada perkataan Bisaya itu berasal dari perkataan "Bisai Iya","Ma Bisa" dan "Bisa Iya" tiada kesahihan secara bertulis.

Sementara itu, Beyer H.O pada tahun 1926, Hester E.D pada tahun 1954 dan Harrison pada tahun 1956 menyatakan bahawa perkataan Bisaya kemungkinan berasal dari Empayar Srivijaya (Sonza, 1972). Pada tahun 1960, John Carol menyatakan bahawa perkataan Bisaya berasal dari Pahlawan Bangsa yang bernama Śrīvijaya. Derek Headly (1950) menyatakan legenda Bisaya Borneo apabila Sultan Brunei semasa kunjungannya untuk meninjau kawasan penduduk Bisaya dan baginda memberitahu “Bisai-Yah!” yang bermaksud betapa cantiknya.

Semua kenyataan diatas adalah teori dan andaian dan mungkin kita tidak pernah tahu mengenai asal perkataan Bisaya yang sebenarnya.